Márquez solo pudo firmar el séptimo mejor tiempo, por lo que saldrá desde la tercera línea, mientras que Dovizioso fue tercero, por lo que lo hará desde la primera, junto a Pedrosa y al francés Johann Zarco (Yamaha Tech3).
La lucha por la pole position fue muy reñida y entre el primero y el séptimo hubo menos de medio segundo de diferencia.
Pedrosa, de 32 años, que suma 30 victorias en la categoría, se impuso por muy poco al francés Zarco, logrando así su tercera pole position de la temporada. Solo le sacó 17 milésimas.
Clasificación oficial de entrenamientos para el Gran Premio de Malasia de MotoGP:
1. Dani Pedrosa (ESP/Repsol Honda RC 213 V) 1:59.212 a 167,3 km/h.
2. Johann Zarco (FRA/Yamaha YZR M 1) 1:59.229
3. Andrea Dovizioso (ITA/Ducati Desmosedici GP17) 1:59.236
4. Valentino Rossi (ITA/Yamaha YZR M 1) 1:59.498
5. Maverick Viñales (ESP/Yamaha YZR M 1) 1:59.538
6. Jorge Lorenzo (ESP/Ducati Desmosedici GP17) 1:59.622
7. Marc Márquez (ESP/Repsol Honda RC 213 V) 1:59.694
8. Alex Rins (ESP/Suzuki GSX RR) 1:59.992
9. Andrea Iannone (ITA/Suzuki GSX RR) 2:00.119
10. Cal Crutchlow (GBR/Honda RC 213 V) 2:00.181
11. Jack Miller (AUS/Hona RC 213 V) 2:00.326
12. Pol Espargaró (ESP/KTM RC 16) 2:00.770
13. Danilo Petrucci (ITA/Ducati Desmosedici GP17) 2:00.351
14. Scott Redding (GBR/Ducati Desmosedici GP16) 2:00.451
15. Álvaro Bautista (ESP/Ducati Desmosedici GP16) 2:00.469
16. Bradley Smith (GBR/KTM RC 16) 2:00.718
17. Loris Baz (FRA/Ducati Desmosedici GP15) 2:01.050
18. Sam Lowes (GBR/Aprilia RS-GP) 2:01.207
19. Esteve "Tito" Rabat (ESP/Honda RC 213 V) 2:01.228
20. Héctor Barberá (ESP/Ducati Desmosedici GP16) 2:01.413
21. Karel Abraham (RCH/Ducati Desmosedici GP15) 2:01.570
22. Michael van der Mark (HOL/Yamaha YZR M 1) 2:02.376